From e02325ed164237e8b027a0ae29a52693b4cc1cb2 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Mon, 13 Jul 2026 16:32:30 +0000
Subject: [PATCH 1/3] =?UTF-8?q?=E2=9A=A1=20Bolt:=20mirt=20=EB=AA=A8?=
 =?UTF-8?q?=EB=8D=B8=20=EC=83=9D=EC=84=B1=20=EC=8B=9C=20=EB=B6=88=ED=95=84?=
 =?UTF-8?q?=EC=9A=94=ED=95=9C=20=EB=8D=B0=EC=9D=B4=ED=84=B0=ED=94=84?=
 =?UTF-8?q?=EB=A0=88=EC=9E=84=20=EC=B6=94=EC=B6=9C=20=EC=B5=9C=EC=A0=81?=
 =?UTF-8?q?=ED=99=94?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

- 반복적으로 사용되는 `newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]`를 `linkedFormData` 변수에 캐싱
- 매번 데이터프레임을 새로 복사하는 O(N) 오버헤드를 제거하여 속도와 메모리 효율 개선
- `.jules/bolt.md`에 최적화 내용 기록
---
 .jules/bolt.md |  3 +++
 R/aFIPC.R      | 20 ++++++++++++--------
 2 files changed, 15 insertions(+), 8 deletions(-)

diff --git a/.jules/bolt.md b/.jules/bolt.md
index eaa6977..7d3c603 100644
--- a/.jules/bolt.md
+++ b/.jules/bolt.md
@@ -13,3 +13,6 @@
 ## 2024-07-12 - R 언어에서 데이터프레임 서브셋팅 시 불필요한 which() 및 반복 평가 제거
 **Learning:** 데이터 프레임의 특정 로우(row)를 변경할 때 `df[which(df$col == "val"), ]`와 같이 `which()`를 사용하면 내부적으로 추가 함수 호출 및 논리 벡터 평가 오버헤드가 발생합니다. 또한, 여러 값을 업데이트하기 위해 동일한 조건식을 연속으로 사용하면 매번 동일한 O(N) 논리 벡터 평가가 중복해서 일어납니다. 불필요한 `paste0("GROUP")` 호출도 오버헤드를 더합니다.
 **Action:** `which()`를 생략하고 직접 논리 인덱싱(`df$col == "val"`)을 사용하며, 동일한 조건식을 두 번 이상 연속으로 사용할 경우 해당 논리 벡터를 변수에 캐싱(`idx <- df$col == "val"`)하여 여러 번 재사용함으로써 중복된 O(N) 선형 스캔을 피하고 성능을 최적화해야 합니다. 또한 불필요한 문자열 연산을 제거합니다.
+## 2025-02-12 - R 언어에서 반복적인 mirt 모델 생성 시 불필요한 데이터프레임 부분집합 추출 최적화
+**Learning:** R에서 데이터프레임의 특정 열을 추출하는 작업(`df[cols]`)은 O(N)의 메모리 복사를 수반합니다. `autoFIPC`에서 `mirt` 모델의 파라미터를 설정하거나 호출하는 과정 중에 `newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]` 코드가 반복해서 사용되었고, 심지어 `ncol()`을 위해 단순히 개수를 구할 때도 사용되어 불필요한 메모리 할당과 오버헤드를 초래했습니다.
+**Action:** 조건문이나 반복문 내부에서 불필요하게 데이터프레임 부분집합 연산이 반복되지 않도록 외부에서 한 번만 `linkedFormData <- newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]`로 캐싱(caching)한 뒤, `ncol(linkedFormData)`와 `data = linkedFormData` 형태로 재사용하여 메모리 복사와 O(N) 오버헤드를 방지해야 합니다.
diff --git a/R/aFIPC.R b/R/aFIPC.R
index 4b8dad6..6254651 100644
--- a/R/aFIPC.R
+++ b/R/aFIPC.R
@@ -846,6 +846,10 @@ autoFIPC <-
     }
 
     message('\nestimating Linked Form Eq(X) parameters')
+
+    # ⚡ Bolt: Cache subsetted dataframe to avoid repeated O(N) memory copies during mirt model setup
+    linkedFormData <- newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]
+
     if (forceNormalZeroOne) {
       freeMEAN <- F
 
@@ -866,7 +870,7 @@ autoFIPC <-
       LinkedModelSyntax <-
         mirt::mirt.model(paste0(
           'F1 = 1-',
-          ncol(newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]),
+          ncol(linkedFormData),
           '\n',
           'MEAN = F1'
         ))
@@ -877,7 +881,7 @@ autoFIPC <-
       LinkedModelSyntax <-
         mirt::mirt.model(paste0(
           'F1 = 1-',
-          ncol(newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]),
+          ncol(linkedFormData),
           '\n'
         ))
     }
@@ -897,7 +901,7 @@ autoFIPC <-
 
         LinkedModel <-
           mirt::mirt(
-            data = newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)],
+            data = linkedFormData,
             LinkedModelSyntax,
             itemtype = newFormModel@Model$itemtype,
             method = 'EM',
@@ -917,7 +921,7 @@ autoFIPC <-
       } else {
         LinkedModel <-
           mirt::mirt(
-            data = newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)],
+            data = linkedFormData,
             LinkedModelSyntax,
             itemtype = newFormModel@Model$itemtype,
             method = 'EM',
@@ -944,7 +948,7 @@ autoFIPC <-
         # LinkedModel <- oldFormModel
         LinkedModel <-
           mirt::mirt(
-            data = newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)],
+            data = linkedFormData,
             LinkedModelSyntax,
             itemtype = newFormModel@Model$itemtype,
             method = 'MHRM',
@@ -964,7 +968,7 @@ autoFIPC <-
       } else {
         LinkedModel <-
           mirt::mirt(
-            data = newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)],
+            data = linkedFormData,
             LinkedModelSyntax,
             itemtype = newFormModel@Model$itemtype,
             method = 'MHRM',
@@ -988,7 +992,7 @@ autoFIPC <-
     #   message('Estimation failed. estimating new parameters with no prior distribution using quasi-Monte Carlo EM estimation. please be patient.')
     #
     #   rm(LinkedModel)
-    #   try(LinkedModel <- mirt::mirt(data = newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)], LinkedModelSyntax, itemtype = newFormModel@Model$itemtype, SE = T, method = 'QMCEM', accelerate = 'squarem', technical = list(NCYCLES = 1e+5), pars = NewScaleParms, GenRandomPars = F))
+    #   try(LinkedModel <- mirt::mirt(data = linkedFormData, LinkedModelSyntax, itemtype = newFormModel@Model$itemtype, SE = T, method = 'QMCEM', accelerate = 'squarem', technical = list(NCYCLES = 1e+5), pars = NewScaleParms, GenRandomPars = F))
     # }
     #
     # if(!LinkedModel@OptimInfo$secondordertest){
@@ -996,7 +1000,7 @@ autoFIPC <-
     #
     #   try(rm(LinkedModel), silent = TRUE)
     #   for (attempt in seq_len(3)) {
-    #     try(LinkedModel <- mirt::mirt(data = newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)], LinkedModelSyntax, itemtype = newFormModel@Model$itemtype, SE = T, method = 'MHRM', accelerate = 'squarem', technical = list(NCYCLES = 1e+5, MHRM_SE_draws = 200000), pars = NewScaleParms, GenRandomPars = T))
+    #     try(LinkedModel <- mirt::mirt(data = linkedFormData, LinkedModelSyntax, itemtype = newFormModel@Model$itemtype, SE = T, method = 'MHRM', accelerate = 'squarem', technical = list(NCYCLES = 1e+5, MHRM_SE_draws = 200000), pars = NewScaleParms, GenRandomPars = T))
     #     if (exists('LinkedModel')) break
     #   }
     #   if (!exists('LinkedModel')) stop('Failed to estimate LinkedModel with MHRM after 3 attempts')

From 5966c703db77bd40bc1633afb59c72211b411065 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Mon, 13 Jul 2026 16:42:18 +0000
Subject: [PATCH 2/3] =?UTF-8?q?=E2=9A=A1=20Bolt:=20mirt=20=EB=AA=A8?=
 =?UTF-8?q?=EB=8D=B8=20=EC=83=9D=EC=84=B1=20=EC=8B=9C=20=EB=B6=88=ED=95=84?=
 =?UTF-8?q?=EC=9A=94=ED=95=9C=20=EB=8D=B0=EC=9D=B4=ED=84=B0=ED=94=84?=
 =?UTF-8?q?=EB=A0=88=EC=9E=84=20=EC=B6=94=EC=B6=9C=20=EC=B5=9C=EC=A0=81?=
 =?UTF-8?q?=ED=99=94?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

- 반복적으로 사용되는 `newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]`를 `linkedFormData` 변수에 캐싱
- 매번 데이터프레임을 새로 복사하는 O(N) 오버헤드를 제거하여 속도와 메모리 효율 개선
- `.jules/bolt.md`에 최적화 내용 기록
- ignore packrat from semgrep
---
 .semgrepignore | 1 +
 1 file changed, 1 insertion(+)
 create mode 100644 .semgrepignore

diff --git a/.semgrepignore b/.semgrepignore
new file mode 100644
index 0000000..00a51d8
--- /dev/null
+++ b/.semgrepignore
@@ -0,0 +1 @@
+packrat/.*

From b923f420277c43403f7b3d1e2f1f68bb85b58812 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: seonghobae <8172694+seonghobae@users.noreply.github.com>
Date: Mon, 13 Jul 2026 16:52:33 +0000
Subject: [PATCH 3/3] =?UTF-8?q?=E2=9A=A1=20Bolt:=20mirt=20=EB=AA=A8?=
 =?UTF-8?q?=EB=8D=B8=20=EC=83=9D=EC=84=B1=20=EC=8B=9C=20=EB=B6=88=ED=95=84?=
 =?UTF-8?q?=EC=9A=94=ED=95=9C=20=EB=8D=B0=EC=9D=B4=ED=84=B0=ED=94=84?=
 =?UTF-8?q?=EB=A0=88=EC=9E=84=20=EC=B6=94=EC=B6=9C=20=EC=B5=9C=EC=A0=81?=
 =?UTF-8?q?=ED=99=94?=
MIME-Version: 1.0
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: 8bit

- 반복적으로 사용되는 `newformXDataK[colnames(newFormModel@Data$data)]`를 `linkedFormData` 변수에 캐싱
- 매번 데이터프레임을 새로 복사하는 O(N) 오버헤드를 제거하여 속도와 메모리 효율 개선
- `.jules/bolt.md`에 최적화 내용 기록
- ignore packrat from semgrep
---
 .semgrepignore | 2 +-
 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)

diff --git a/.semgrepignore b/.semgrepignore
index 00a51d8..570a114 100644
--- a/.semgrepignore
+++ b/.semgrepignore
@@ -1 +1 @@
-packrat/.*
+packrat/**